В конце XVII — начале XVIII в. Феодоровский монастырь пользуется заметным вниманием со стороны царской семьи. На средства царевны Натальи Алексеевны в монастыре были построены новые здания (храм Введения во храм Пресвятой Богородицы, церковь Казанской иконы Божией Матери, больничный корпус), обитель посещал Петр I.

Интересно, что к концу XVII в. монастырь стал местом заточения и принудительного пострижения. Историки высказывают предположение, что именно сюда ссылали сподвижниц царевны Софьи и насильственно постригали их. Конечно, далеко не для всех в эти годы монастырь был местом заточения. Среди постриженных встречаются имена Анны Клушиной, постельницы царевны Марфы Алексеевны, Натальи Юрьевны Мусиной-Пушкиной,  супруги И.П. Мусина-Пушкина, А.Ф. Ягужинской, жены генерал-прокурора П.И. Ягужинского. Известно, что Петр I навещал в монастыре свою воспитанницу Наталью Взимкову, дочь дьяка царицыной мастерской палаты и крестницу царицы Натальи Кирилловны. Император и его семья делали значительные вклады в обитель.

К середине ХVIII века монастырь достиг наивысшего своего расцвета, пользовался покровительством дома Романовых, имел подворье в  Москве. Обитель была известна узорным ткачеством (именно здесь впервые Петр I ввел немецкое ткачество), плетением кружев, художественной вышивкой, иконописью. Особую славу снискал монастырский хор.